马昱从小就爱好读书，举止文雅，品行端正，生活俭朴，同晋时一般名士一样，喜欢清谈。

正是因为司马昱的这些品质，所以深得父亲晋元帝司马睿的喜爱，而大学者郭璞也对他评价甚高，声称振兴晋朝的非此君莫属。不过，司马昱成年后并未展示出令人信服的才能，仅以清虚寡欲、擅长玄学知名于世。

司马昱被立为皇帝后，对军国大政没有丝毫置喙的权利，每天拱默守道、毫无作为，属于名副其实的傀儡皇帝。在这种情况下，司马昱非常担心自己会沦为亡国君，加之司马奕被废时出现的“荧惑入太微垣”天象再次发生，使得他不能不忧心忡忡，甚至公开的桓温的智囊郗超询问桓温会否再行废立之事。虽然郗超一再打包票称桓温绝无再次废帝的打算，但依然无法消除简文帝心中的疑虑，并最终因此而忧愤成疾，病倒在了龙榻上。

最终，在桓温刚刚率军抵达江陵准备入蜀与前秦军队作战的时候，感觉自己时日无多的司马昱，决意召回桓温入朝辅政，同时商讨太子人选问题，但是桓温刚刚抵达江陵，军队士气正盛，怎么可能在这个时候回去呢？因此便拒绝了司马昱的召唤，继续为入蜀作战做准备。

无奈之下，司马昱只得自作主张，将自己与黑人老婆生的儿子司马曜立为太子，同时，为了不让桓温伤害自己的子孙后代，司马昱决定效仿蜀汉皇帝刘备，以皇帝之尊，向权臣桓温立下遗诏，希望桓温能够依周公先例居朝摄政，同时又模仿刘备写道：“少子可辅者辅之，如不可，君自取之。

司马昱这样写，其实也是为自己的儿子留条后路，毕竟自己公开的说出这样的话来，即便是桓温最终篡了权，也应该不会冒天下之大不韪，杀掉自己的儿子司马曜吧。

然后，司马昱这份遗诏还没有到桓温手里，就先被自己的老朋友，已经升任侍中的王坦之给撕毁了，王坦之便撕诏书便对司马昱说道：“陛下可知此诏书等同于让国？”x33

看着王坦之居然撕毁了自己的诏书，这让司马昱气不打一处来，当然，他也很清楚这是王坦之的忠勇之举，但是司马昱何得英名之人，他也不想这样做，他之所以做完全是为了保住自己一家老小性命的无奈之举。

为了不让王坦之坏了自己的大事，司马昱便哭丧着脸对王坦之说道：“晋室天下，只是因运气好而意外从曹魏手里获得，就算朕现在想把它让予别人，你又对这个决定有什么不满呢！”

见司马昱这样说，王坦之更生气了，于是便对司马昱说道：“晋室的天下