年春天，不甘心失败的土耳其军队再次来围攻希腊人，而这一次，领军的将领则是第一次围攻当中铩羽而归的雷西德-穆罕默德帕夏。

在出兵时，苏丹对这位帕夏下了死命令，“要么攻下迈索隆吉翁，要么就砍下你的脑袋“——苏丹绝对不会容忍第三次围攻失败。

雷西德-穆罕默德帕夏带着手下的两万大军，再次来到了迈索隆吉翁城下，开始第三次围攻战役。

于是一段惨烈的交战也就此开始了。

也许是因为苏丹威胁的缘故，这一次帕夏非常卖力，立即让他的手下围绕着迈索隆吉翁的正面修建了许多战壕，然后通过战壕让自己的部下逐渐逼近要塞，伺机发动进攻。

然而要塞中的希腊守军，尽管兵力远远逊于土耳其军队，但是他们知道他们是在为自己的生命、自己的家园而战，因此他们还是同之前一样拼命抵抗，每当防线出现一个缺口时，守军就会发动凶猛的反击，将敌军击退，而迈索隆吉翁的所有平民，无论男女，也都在夜里一起工作，帮助守军填补缺口。

就这样，尽管雷西德-穆罕默德帕夏带着部下发动了多轮进攻，却还是一筹莫展，几个月时间里他进展寥寥，根本无法摧垮守军的意志。

时间到了1825年秋天，这一次土耳其人多了一个盟军——埃及的阿里帕夏也派兵一起参与了这次远征，埃及军队加入战争之后，原本就已经因为内讧而实力大损的希腊独立军形势更加不妙，埃及军队作为生力军，几乎横扫了整个希腊。

而到了1826年1月，阿里帕夏的儿子易卜拉欣带着1万人左右的埃及军队加入到了对迈索隆吉翁的围攻当中，他的军队还带着大量大炮，甚至还有一支小型的海上舰队支援。

原本在围攻当中已经筋疲力尽的土耳其军队，这一次又重新振奋了精神，在土耳其和埃及军官们的命令下，围城军队又发动了多次进攻，数千枚炮弹将要塞当中的民居几乎横扫一空，而海上的炮舰也协同助阵，一同摧残着守军的意志。

借助着陆海上的优势，土耳其人终于控制了迈索隆吉翁的所有供应线，而且在长达一年的围攻战当中，守军的储备也已经消耗殆尽了，饥饿无可避免地降临到了这些希腊人头上。

在饥饿的摧残下，城内的军民们吃光了所有能吃的东西，包括猫和马，而易卜拉欣帕夏现在要求该城内所有人即可投降，人们可以选择被卖